運動科學研究處下分為「運科研究組」、「運科發展組」、「卓越表現組」三組，工作內容包含運動訓練與檢測開發、科技應用、數據分析、技戰術情蒐、運科新知轉譯教學、人才培育等。服務對象橫跨黃金計畫頂尖選手、培訓選手及基層運動。

運動科技與資訊開發處分三組，各組掌理事項如下：
創新研發組：國內外運科產品研發及設備升級擴增支援效能。
產學合作組：產學合作、駐點實習合作及促進國際學術交流研究。
資訊科技開發組：建立系統軟體及資料庫系統整合與應用。

運動醫學研究處致力於研究與建立運動醫學與傷害防護相關檢測，分析運動傷害危險因子，制定運動員臨床治療與傷後回場訓練方針，以及提供傷後增強運動表現指引。並規劃臺灣運動醫學醫師培訓制度，建立臺灣運動醫學醫師人才資料庫。

行政管理處分為五組，職責如下
一、綜合規劃組：
制定計劃、內控制度、評估改善、行銷企劃。
二、總務行政組：
總務、採購、財產、文書、出納、檔案。
三、人資組：
綜理人力資源業務。
四、財會組：
財務會計、預算決算、經費管控。
五、資訊組：
資訊系統、網頁、硬體、資訊安全。